San Juan del Río es una ciudad y sede administrativa del municipio de San Juan del Río, en el estado de Querétaro, en el centro de México. La población en julio de 2007 se calcula en 128,270 para la ciudad y 217,980 para el municipio. Tanto la ciudad como el municipio tienen la segunda población más alta del estado. El municipio tiene una superficie de 799,9 km2. Está en la meseta central del país, a 50 km al sureste de la capital del estado, Santiago de Querétaro, a 20 °23′N 99 °59′W y una elevación de 1922 m. Famoso por sus ópalos, extraído en la cercana La Trinidad, también es un centro agrícola y tiene algo de industria ligera.
Un número de bodegas también se encuentran en los alrededores. Está conectado con Santiago de Querétaro y la Ciudad de México por la línea principal de trenes de carga y la Carretera Federal 57.